A pousada é enorme, mas distingue-se por pormenores como este: o grande pórtico barroco que se vê da rua e dá acesso à Pousada Convento Beja levou mais de 30 anos a ser construído, entre os séculos XVII e XVIII. Neste aspeto, o antigo Convento de São Francisco partilha com muitas outras pousadas a característica fascinante de ser uma colagem de diferentes eras e de diferentes usos, desde que foi construído entre os séculos XII e XIV.
Casa de monges franciscanos até ao fatídico ano de 1834, quando as ordens religiosas foram extintas e muito do seu património passou para as mãos do Estado, o convento teve o infeliz destino de tantos espaços semelhantes: anos e anos de abandono e vandalismo – houve túmulos transformados em pias e arrastados para o exterior –, até que em 1850 foi transformado em quartel. Viria a receber dois regimentos de infantaria, mas a falta de cuidado com o património levou a novos desastres: azulejos centenários arrancados das paredes e frescos inteiramente pintados por cima. Algumas dessas alterações foram corrigidas mais de um século depois, no início da década de 1990, quando o velho convento ressuscitou como uma das Pousadas de Portugal.
O edifício foi construído entre os séculos XII e XIV.
Foi casa de monges franciscanos até 1834.
Em 1850, foi transformado em quartel.
A então Pousada de São Francisco foi inaugurada em 1994. O projeto de arquitetura quis reavivar a história do convento: no antigo refeitório dos monges instalou-se a imponente sala de refeições; nos andares superiores, as celas dos franciscanos deram lugar a 35 quartos. Os exteriores são da autoria de Gonçalo Ribeiro Telles, arquiteto paisagista que desenhou de raiz o jardim, num espaço praticamente deserto. Os corredores laterais, cobertos de heras e em alguns pontos de rosas, são de passeio obrigatório.
Merecem também uma visita os diferentes espaços que ficam nas galerias do claustro, em particular a Sala do Capítulo, coberta de pinturas murais no teto abobadado, e a Capela dos Túmulos (agora designada Capela Gótica), o único espaço que permanece quase intacto desde a sua origem e que é um dos mais relevantes exemplos da arquitetura gótica no Sul do país.
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